Ročné zúčtovanie a výpočet dane za rok 2016 mali zamestnávatelia povinnosť vykonať najneskôr do 31. marca 2017. Zamestnávateľ, ktorý vykonával ročné zúčtovanie dane, bol povinný najneskôr do 30. 4. 2017 doručiť zamestnancovi doklad o vykonanom ročnom zúčtovaní.
Prevzatie dokladu o vykonanom ročnom zúčtovaní zamestnanec podpisuje na zadnej strane vyhlásenia, pri doručovaní tohto dokumentu zamestnávateľ poznačí do vyhlásenia dátum zaslania predmetného dokumentu.
Z výsledku ročného zúčtovania, ako i pri podaní daňového priznania, vyplývajú daňovníkom povinnosti z titulu vzniknutých nedoplatkov a tiež práva z titulu vzniknutých preplatkov.
Daňový preplatok vyplývajúci z ročného zúčtovania dane za rok 2016, ktoré vykonal zamestnávateľ v lehote najneskôr do 31. marca a ktoré nahrádza daňové priznanie, vráti zamestnávateľ zamestnancovi cez vyplácanú mzdu.
Preplatok musí byť zamestnancovi vrátený najneskôr vo vyúčtovaní mzdy za apríl, teda najneskôr do 31. 5. 2017. O vrátenie daňového preplatku zamestnávateľa, ktorý vykonal výpočet ročného zúčtovania, žiadať netreba, zamestnávateľ vyplatí preplatky automaticky, na základe výpočtu. Preplatky na dani sú vyplácané z vlastných finančných prostriedkov zamestnávateľa, pričom ten následne žiada správcu dane o vrátenie vyplatených preplatkov, prípadne si najneskôr do konca kalendárneho roka (2. 1. 2018), v ktorom bolo zúčtovanie dane vykonané, znižuje mesačné preddavky.
Ak zamestnávateľ vykonal výpočet dane bývalému zamestnancovi, ktorý oň požiadal a výsledkom je preplatok, aj takémuto zamestnancovi musí byť suma preplatku vyplatená najneskôr do 31. 5. 2017.
Ak je výsledkom ročného zúčtovania nárok zamestnanca na vrátenie daňového bonusu na dieťa, uplatní sa rovnaký postup a suma mu bude pripočítaná ku mzde a poukázaná na účet alebo v hotovosti najneskôr do 31. 5. 2017.
V prípade, že je výsledkom ročného zúčtovania daňový nedoplatok, túto sumu zráža zo mzdy zamestnanca zamestnávateľ, a to v lehote najneskôr do konca kalendárneho roka. Zamestnávateľ a zamestnanec sa môžu dohodnúť na zrazení nedoplatku počas viacerých mesiacov v rámci roka.
Daňový nedoplatok nepresahujúci sumu 5 eur sa nezráža. Výnimkou je prípad, ak si zamestnanec uplatňuje nárok na vrátenie daňového bonusu na dieťa. Vtedy je potrebné odpočítať nedoplatok od sumy daňového bonusu, ktorá má byť vyplatená. Druhý prípad, kedy je potrebné zraziť daňový nedoplatok nižší ako 5 eur, je vtedy, ak chce zamestnanec darovať 2 % alebo 3 % zo zaplatenej dane.
Daňové nedoplatky, ktoré zamestnávateľ zrazil zamestnancom zo mzdy, poukazuje na účet daňového úradu v najbližšom termíne na úhradu preddavku dane. Ak zamestnávateľ nemá možnosť zamestnancovi zraziť nedoplatok, napríklad z dôvodu, že už mu nevypláca mzdu, môže v lehote 30 dní, odkedy situácia nastala alebo sa o nej dozvedel, požiadať správcu dane, aby nedoplatok od tejto osoby vybral. Nedoplatok vyberie správca dane miestne príslušný podľa pobytu zamestnanca.